В подавляющем большинстве случаев считыватель устанавливается там, где необходимо получить номер карты. В тех случаях когда речь идет о десктопных приложениях обычно используется подключение через COM-порт из самой программы - это очень удобно, потому что можно монопольно занимать порт и получать события со считывателя (я обычно так и делаю - когда речь идет о десктопе)

Однако бывают ситуации когда работа с картой осуществляется на компьютере к которому не подключен считыватель (пример: в комната охраны, а считыватель на ресепшене). В этом случае можно использовать разные утилиты, которые позволяют посредствам TCP-IP соединения работать с портом.

Я же пошел несколько другим путем - на локальном компьютере (к которому подключен считыватель установлена утилита, которая работает с COM-портом, далее посредством HTTP-запроса на сервер передается номер карты и ключ устройства, позволяющего идентифцировать считыватель. События складываются в СУБД (которая может быть любой, в данном случае MySQL) и впоследствии может быть вычитана клиентским приложением.

В случае если база размещена на общедоступном ресурсе расположение считывателя ограничивает лишь возможность доступа к этому ресурсу. Конкретно в этом случае утилита с настройками была написана на VB.NET, в более поздних версиях есть проект где аналогичный алгоритм был реализован в Debian, на Python, в том числе и для авторизации в web-приложении и подтверждения действий с помощью карты сотрудника.

Роли в проекте:
 - приложение на VB.Net для взаимодействия с COM-портом и передачи параметров серверу
 - API-интерфейс для приема данных (Yii2 + MySQL)